Hola:
En los enlaces se ejecuta antes onclick ya que sirve para validar/confirmar.
Supongo que solo se trata de un ejemplo, ya que es algo semánticamente mal planteado.
Si piensas enlazar está bien usar un tag a, pero para un script no es aconsejable. Se usa mucho para que aparezca la mano, pero se puede poner con estilos.
La forma de usar el onclick con enlaces sería...
<a href="unenlace.html" onclick="return confirm('¿quiere enlazar?')" >enlace</a>
En el ejemplo, si al salir la ventana confirm se acepta, se enlaza, y si se cancela no...
Saludos
