tenés que respetar las rutas de los directorios y subdirectorios, cuando bajes un theme, descomprimilo y fijate como esta hecho el archivo, por ejemplo:
los theme siempre vienen zipiados, y hay que subirlos en las carpetas theme, tenés que tener en cuenta que estan configurados para que se lea de determinada manera (la correcta!!!)-.
si el theme se llama xxxxxxxxxx tenes que subir la carpeta que dentro de ese directorio este solamente los archivos:
modo correcto: xxxxxxxxxx/todos los archivos del theme y sus directorios
modo incorrecto: xxxxxxxxxx/xxxxxxxxxx2/todos los archivos del theme y sus directorios
esto mismo pasa con los plguins, te recomiendo que instales dos wordpress o que agas pruebas con uno en forma local en tu pc para que puedas hacer test de como configurarlo y una vez que estes seguro de como es recien llevarlo al server.
saludos,