Hola
tunoverde!
Se me hace raro que el flv te ocupe tanto espacio en disco, una cosa que me impresiona de flash es el nivel de compresión que alcanza en los videos, yo creo es problema de tu configuración.
Cuando entras a la opción de importar video, cuando llegues a la sección de encoding, ve a advanced settings, en la opción quality le pones en custom y en la opción de Max data rate, cambiá el valor, entre menor sea, menor será el peso del video pero con ligeras deficiencias en cuanto a la calidad de este.
Un saludo!