La razón por la cual se ve cada página por separado es, simplemente, porque un iframe es una especie de ventana dentro de otra, y abre una página independiente a la que contiene el iframe. Por lo tanto, contará como una página por separado.
(Que yo sepa) no hay manera de "prohibir" que una página se guarde en el historial, tal vez exista un script o algo asi, pero no tengo idea, tal vez alguien sepa "asesorarte" mejor por ese lado...
Una alternativa que tendrías sería simplemente copiar el contenido del iframe y ponerlo a página entera...además...¿Conoces todas las desventajas de los iframes? Es cierto que le brindan un mejor aspecto y navegación al sitio, pero tienen muchas contras,
aqui podrás ver detalladamente los inconvenientes de usar frames.
Si tienes alguna duda vuelve a preguntar. Espero que te haya servido, mucha suerte!!
Slaouds, 
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