Aclaro un punto que le puede servir a muchos.
Se puede jugar trankilamente con capas y z-index, tengan flash o tengan lo que tengan.
Solo tener en cuenta que en firefox, si se quiere meter algo por encima de flash, deberemos meter una capa en ABSOLUTE encima de la de flash, con un z-index superior, y decirle al flash que sea transparente a través del parámetro <param name="wmode" value="transparent" /> pero también MUY IMPORTANTE meter la propiedad en la linea del <embed... wmode="transparent" ...>
Hasta que no lo puse ahi, me volví loco buscando soluciones, porqué yo ya lo había puesto en el parámetro y aquello no funcionaba...
Bueno, saludos a todos.