En el proceso de "Upload" .. tienes que "mover" tu imagen o archivo en general que subes y donde PHP lo deja temporalmente hacia su destino definitivo, es en esa función donde puedes asignar el nombre definitivo que tendrá tu archivo según tus própios parámetros ..
Código PHP:
move_uploade_file($_FILES['archivo']['tmp_name'],"ruta/".$tunombre_archivo);
Un saludo,