no estoy seguro, pero podrias probar pasar la variable por la url.
ejemplo:
Código:
<script type="text/javascript" src="mi_script.php?vartext=hola"></script>
y en mi_sitio.php
Código:
<? $var = '<h1>Hola '.$_GET["vartext"].'</h1>';?>
document.write("<?=$var;?>");