Bueno, supongamos que tienes una tabla llamada clientes en cada base de datos.
Base 1
Clientes
--------
id
nombre
Base 2
Clientes
--------
id_cliente
nombre_cliente
Para colocar todos los datos en otra tabla que tenga todos los registros, harias esta consulta. Supongamos antes que la nueva tabla tiene los nombres de campo igual que la tabla clientes de la base 1:
Código:
select id, nombre from base1.clientes
union
select id_cliente as id, nombre_cliente as nombre from base2.clientes