Creo que para usar el CVS de Eclipse, antes hay que instalar algún programa de Servidor de Subversiones (o algo asi). Hace un tiempo yo intenté instalar algo pero me quedé en el camino....
Mira este blog de un compañero de Stratos:
http://www.edevi.com/ , busca por "Herramientas para el Indie" y hay unas explicaciones sobre distintos servidores de estos.