En el Adobe Media Encoder tienes varias opciones: mpeg Para DVD o simplemente mpeg...
Los dos archivos son para salida DVD audio y video indepenciantes, siempre el video va a ser más grande que e audio, no hay problmea.
Otra fácil, para no volver a renderizar, es que esos dos archivos los multiplexes con el TMPGEnc por ejemplo para tener un solo mpeg.
El tamaño es debido a que estas usando un tamaño grande, digamos 720x240... Con esa misma configuración en 352x240 el tamaño del video bajará drásticamente.
Depende pra qué necesites el video es el tipo de salida que mejor se recomiende
