Hola:
Normalmente el foco se queda en lo último que se ha pinchado... y en tu caso posiblemente se ejecute primero lo de la ventana y luego el enlace, pero a las ventanas se le puede dar el foco...
ventana = window.open();
ventana.focus();
Tal vez el foco sea mejor dárselo con algo de demora (usando setTimeout)
Saludos
