Bueno el problema de si se hackean o no servidores no esta en función del SO en sí sino que es culpa del administrador que no parchea las vulnerabilidades y entonces los desocupados llegan y vulneran la máquina. Mientras tengas parcheada la máquina no tendría hipotéticamente que pasarle nada.
Tienes razón que yahoo usa freebsd pero en su dominio principal porque tiene muchísimos subdominios alojados en
servidores windows así que a lo mejor el rumor se ha extendido. En todo caso mi recomendación es que instales un sistema operativo robusto y para servidores el que más se usa
según netcraft es Red Hat pero la versión enterprise así que si quieres puedes instalarle CentOS que es un clon de Red Hat Enterprise pero totalmente libre, y por lo tanto es muy parecido a Fedora.
Un secreto para instalar un servidor es instalar los paquetes estrictamente necesarios, a ser posible sin modo gráfico ni nada así para evitar vulnerabilidades de los paquetes.
Mi voto iría primero por debian, después por CentOS y porqué no, puedes instalar mi nuevo juguetito denominado arch...
Saludos