Yo he probado Ext2 IFS y Explore2fs. El segundo es solamente un explorador de archivos que accede a las particiones ext3, mientras que el primero es un auténtico driver que permite que Windows acceda a las unidades ext3 de forma "nativa" (es decir, desde cualquier aplicación). Así que mi preferencia es, sin duda, Ext2 IFS.
Ninguno puede manejar permisos, por las razones que tú mismo has dado. La única alternativa que se me ocurre es que encriptes tu sistema de archivos, pero no sé si alguna de las herramientas antes mencionadas pueda acceder a una unidad encriptada.
A propósito, yo también tengo que probar mis desarrollos en IExplorer. Hace un tiempo descubrí un script que ppermite instalarlo fácilmente en Linux usando wine:
http://www.tatanka.com.br/ies4linux/index-en.html
Los únicos requerimientos son wine (obviamente
) y cabextract (en mi caso, ambos estaban ya disponibles en los repositorios de Fedora). Pruébala; tal vez termines olvidándote de los reinicios en MS Windows
.