si estas usando PHP, puedes usar la funcion md5() para comparar la clave que ha introducido el usuario con la que existe en la base de datos:
Código:
$sql = "
select password
from usuario
where user = '$user'";
$result = mysql_query($conn, $sql);
if ($row = mysql_fetch_array($result)) {
if (md5($password) == $row["password"]) {
// clave correcta
}
} else {
// usuario no encontrado
}