Hola:
Que yo sepa no se puede meter un jar dentro de otro jar y que lo encuentre de una forma standard.
Sin embargo, tienes varias posibilidades.
Una es desempaquetar todos los jar en el mismo sitio, de forma que te salgan todos los class. Luego los empaquetas en un unico jar. De esta forma solo hay un jar y no tienes problemas.
Otra opción, no sé si vale para applets, pero puedes echar un ojo a
onejar, esta herramienta, haciendo las cosas de una forma un poco especial, permite meter jar dentro de otros jar (como lo tienes tu hecho) y los encuentra.
De todas formas, lo habitual es poner los tres jar en el mismo sitio que la página html. De esta forma el applet los encuentra sin problemas y creo que no hay que decirle nada especial al jsp (funciona bien en una página html).
Se bueno.