el uso de frames no tiene por qué tener ningún problema de cara a la inclusión en buscadores, de hecho, te puede facilitar las cosas, ya que tienes una página index.htm (que es la que contiene los marcos) en la que puedes poner tus meta - tags, links a las páginas que tienes que indexar, texto para ayudar a la descripción para que lo capte el bot del buscador, etc.
yo lo he utilizado en muchas ocasiones y de hecho se me indexan mejor que las que no tienen frames por lo que te digo: se crea un "hueco" donde meter info que ayude al buscador.
y mediante javascript no se puede modificar lo que indica la barra de dirección, (ya me volví loco en su día, como tú ahora, y nada de nada)
