Hola:
No sé porqué, pero no me entero de la modificación de JavierB (¿No lo habrá copiado mal?... con eso del copy & paste...)
Bueno, en principio veo que falta cerrar una llave, pero con document.write lo único que se escribe es el nombre del fichero, pero no lo abre... supongo que mejor es usar el objeto location...
myWindow.location.href = (tipo == "Alerta") ? "alerta.php" : "aviso.php";
Saludos