Hola
cvildoso. Bienvenido al foro.
No se si entiendo bien tu duda
Parece que tienes un archivo .js y lo llamas desde tu página. Creo que debería quedar así:
Código:
<script type="text/javascript" src="URL/js/aviso.js"></script>
<script>
if ( aviso == true )
{
var myWindow = window.open("", "", "toolbar=no,directories=no,menubar=no,scrollbars=y es,status=no,resizable=yes,width=420,height=300");
if (tipo=="Alerta")
{
myWindow.document.write("alerta.php");
}
else
{
myWindow.document.write("aviso.php");
}
</script>
Espero que te sirva. Saludos,