Bueno prototype no lo he usado nunca, pero en principio es el mismo sistema.
Tu te creas tu select donde sus valores seran los nombres de las tablas
Código HTML:
Buscar en
<select name="tabla">
<option value="post">Los Temas</option>
<option value="replys">Las Respuestas</option>
<select>
Y luego al enviar los datos del formulario, tu consulta sera algo asi:
$sql = "SELECT * FROM $_POST[tabla]";
Todo eso suponiendo que sabes enviar datos a una url con prototype.