Ferny acaba de colocar un link a un tutorial que tiene sobre el TMPGEnc y la configuración para hacer que el audio funcione.
www.mundodivx.com/mpeg/tmpgenc.php
Con eso se debería resolver el problema
De todas formas pruebo lo que me dices y aviso. Muchas veces es necesario pasar los videos a un formato estandarizado para que se reproduzcan bien, el más común de usar el TMPGEnc, y con las correctas configuraciones de audio te debe servir.
