Yo revisaría entre las FAQ, porque yo también tuve un problema con checkboxes y PHP y encontré algo que me fue útil.
Se basama en un checkbox así
Bucle
Código HTML:
<input type="checkbox" name="vector[]" value="valordelbucle">
/Bucle
Si funcionas con un formulario los únicos valores del checkbox que pasan a $_POST["vector"][0], $_POST["vector"][1], ..., $_POST["vector"][n] serían los que han sido checkeados antes de enviar el formulario.
Espero que te haya servido de ayuda.
Un saludo.