Es un caso raro... EL TMPGEnc busca el audio del video seleccionado, por lo general es el mismo archivo de video, pero te deja seleccionar algún otro audio si así lo eliges (tipo multiplexar).
Pueden probar con el Canopus Pro Coder también.
Otra es que al hacer una prueba solo dejen pasar un minuto de conversión, como el archivo resultante es un mpeg no tienen problemas para reproducirlo y verificar el audio, no es necesario esperar a tooooda la conversión
Lo de mpg y mpeg es exactamente lo mismo, Motion Pictures Expert Group, pero para mantener el estándard de las extensiones se dejó como mpg, aunque mpeg es igualmente válido.
Habrá que revisar el audio de esos Avi porque esta raro...