El código sería aproximadamente este
Código:
opendir(dir1,$dir1);
my @files1 = sort readdir(dir1);
closedir(dir1);
opendir(dir2,$dir2);
my @files2 = sort readdir(dir2);
closedir(dir2);
for(my $i = 0; $i < @files1; $i++){
print "es igual" if ($files1[$i] == $files2[$i]);
}
Espero que te sirva
Saludos