Eyy tania, en Windows 2003 server si que se permite renombrar el dominio, lo puedes hacer con una herramienta que explican en este
technet.
Yo si se trata de un servidor recien instalado en el que estamos haciendo pruebas y dispones de tiempo lo formatearía y listo aunque no está de mal lo de probar el renombrar el dominio, ya que nunca sabes cuando lo vas a utilizar.
Un saludo.