Te he creado un campo oculto y en el mensaje hago que aparezca el valor del campo oculto
<script LANGUAGE="JavaScript">
<!--
function Mostrar(boton)
{
msg="Opcion 1:"+formulario.check1.checked+"\n"
msg+="Opcion 2:"+formulario.check2.checked+"\n"
msg+="Opcion 3:"+formulario.check3.checked+"\n"
document.formulario.soy_un_campo_oculto.text=msg;
alert("escribo los valores del campo culto" + "\n" + document.formulario.soy_un_campo_oculto.text);
}
//-->
</script>
<body>
<form action="procesa.phtml" name="formulario" id="formulario" method="GET">
<input type="checkbox" name="check1" checked> Opcion 1<br>
<input type="checkbox" name="check2"> Opcion 2<br>
<input type="checkbox" name="check3" checked> Opcion 3<br>
<input type="hidden" id="soy_un_campo_oculto"></input>
</form>
<A href="javascript
:Mostrar()">Ver valores</A>
</BODY>