Pues si solo es un campo de texto lo puedes hacer por campo p.e.
Código PHP:
$input = $_POST['campo'];
$abbr = array( "inp", "inper" );
$completo = array ('Instituto Nacional de Pediatría', 'Instituto Nacional de Perinatología');
$i = 0;
foreach( $abbr as $institucion ) {
if( strpos( $input, $institucion ) !== false )
$input = str_replace( $instiucion, $completo[$i], $input );
$i++;
}