wenas, es lo mismo que hiva a aconsejar yo y lo que han dicho antes....
Primero de todo la bios no tiene nada que ver... la bios dejala para cuando tengas problemas con incompatibilidad de dispositivos o problemas para reconocer hardware...
Tu problema como ya sabes es con el SO... o algun dispositivo externo o interno opcional, que esta dando conflictos...
Lo mejor para esto es iniciar en modo a prueva de fallos ( esto hace que el SO se inicie con lo minimo, sin cargar ningun controlador ) por lo que tenemos en vista el SO "solo" por decirlo de alguna manera, apagamos el pc y si se apaga correctamente es problema de algo externo al windows... como pueden ser drivers mal instalados, alguna placa externa o interna...
Entonces de alli en adelante provamos ir desistalando software o hardware que nos parezca y comprobar si apaga bien el pc hasta que demos con el problema....
espero haber aclarado un poco este tema, hice mas o menos un resumen de todo....
saludos