Saludos!
La experiencie en el manejo de cookies( osea, las regadas que he dado y he tenido que componer utilizando las benditas cookies ) es de que se generan dos tipos de cookies diferentes, unas de manera local y otras de internet. Si ejecutas tucodigo de manera lo cal, se generan unas cookies para ese tipo de acceso, pero si ejecutas desde web, se generan otras cookies para web y de hecho puedes tener dos seciones de tu sistemas "activas" una con las cookies locles y las otras con la web.
Ahora bien, para crear cookies tengo esto
Código:
Response.Cookies.Add(new HttpCookie("idSucursal",Session["idSucursal"].ToString()));
Response.Cookies["idSucursal"].Expires= new DateTime(2110,12,31);
para asignarle el valor a una variable la cookie
Código:
Session["idSucursal"]=Request.Cookies["idSucursal"].Value.ToString();
Espero te sirva de algo :)