Si te sirve de algo, yo tambien tengo que lidiar con la calidad de MS, y me pasa que cada tanto expiran las sessiones de la intranet, hasta ahora lo que hago es verificar las opciones del IE, donde hace referencia a las cockies y seguridad, aunque en la mayoria de los casos sigo igual porque a mi criterio la mayor parte del error esta en el IIS y no en el cliente.
Estaria bueno armar una tabla con diferencias entre IIS y Apache, entre la facu y el laburo ahora no tengo mucho tiempo para armar una tabla con las fuentes de la documentacion con la que se conforma la misma(es decir las citas). Pero encontre este texto que me parecio bueno:
http://216.239.51.104/search?q=cache...r&ct=clnk&cd=1
Saludos.