Hola
alvgutierr
Puedes cerrarlo desde la ventana principal:
ventana = window.open('_dos.html');
setTimeout('ventana.close()',
3000);
o desde el pop-up:
<body onload = "setTimeout('self.close()',
3000)">
He puesto un tiempo de
3 segundo, cambialo a tu gusto.
Edito: "Me se" ha adelantado
caricatos 
Saludos,
