problema con confirm

[KarlanKas]

El tema está en que mezclas código Javascript con php. Es más pones una condicional en javascript de la que depende la ejecución de un código php. Esto tiene el problema de que el código php lo ejecuta el servidor antes de mandar la página al navegador que es donde se ejecuta el código javascript. Es decir, cuando se ejecuta el código javascript ya se ha ejecutado el código php. Por lo que de nada sirve el condicional que pones.

Una posible solución sería:

<script language="javascript">
if (confirm("¿Está seguro que desea validar el día?"))
{
window.open('pagina.php?qq=<?=$id_dia_resp;?>','pa gina','width=60,height=60');
}
else
{
history.back();
}
</script>
Para ejecutar esto debes crear una página php llamada pagina.php con este código:

<?php
include("conectadb.php3");
if($sql_dia_resp=mysql_query("UPDATE dias SET confirmado=1 WHERE id=".$_GET["qq"])){
?>
alert("Se ha validado el día correctamente");
opener.history.back();
<?}?>

Dime si te va!