Hola:
No se puede condicionar php con javascript... siempre se ejecuta antes php porque se lanza desde el servidor... Cualquier cosa que quieras hacer con javascript, debes luego enviar parámetros por un formulario (o simularlo en URL)... y recqargar la página...
Muéstranos como tienes el formulario, a ver si te podemos ayudar.
Saludos
