Supongo que es el contenedor #left_in el que quieres que se adapte.
IE no respeta el height y estira el contenedor lo necesario. El resto de navegadores mantienen la altura desbordando los contenidos.
Puedes pedírselo así para que te funcione bien en todos
Código:
<style type="text/css">
<!--
#arriba {
height: 100px;
width: 600px;
background-color: #CCCCCC;
color: #FFFFFF;
}
#center{
width: 600px;
height: 1110px;
margin: 0px;
padding: 0px;
}
#pie {
height: 250px;
width: 600px;
background-color: #CCCCCC;
}
#left_in {
width: 400px;
background-color: #0099CC;
height: 100%;
float: left;
}
#center > #left_in {
min-height: 100%;
height: auto;
}
#right_in {
margin-left: 400px;
float: none;
padding: 0px;
width: 200px;
background-color: #FF6633;
height: 500px;
margin-top: 0px;
clear: right;
}
-->
</style>
Teóricamente con eso lo deberías solucionar
Un saludo