Podés utilizar la función date_format para formatear la fecha directamente en tu consulta:
Código PHP:
<?
...
$sql = "SELECT *, date_format(fecha,'%d-%m-%Y') fecha_fomateada FROM " . $table;
...
?>
En el campo "fecha_formateada" del resultado de la consulta vas a tener la fecha con el formato que querés.
Saludos.