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[Okidoki]

Si tienes acceso SSH, te conviene hacer el backup de los archivos via SSH, de tal forma :

tar -cvf miweb.tar /donde-son-mis-archivos/

luego lo comprimes con gzip

gzip miweb.tar.

De esta maneras vas a tener todos los permisos de directorios archivos, etc tal como los tienes ahora y entonces asi tu proveedor cuando los descomprima no tendrá que hacer muchos cambios. al maximo debera cambiar los usuarios y grupos y quizas editar algun php que conecte alguna base datos.