A la primera pregunta.
Creo que es necesario que sea .ico (aunque no estoy muy seguro) pero tiene que tener un tamaño de 16x16 si es pequeño y 32x32 si es grande.
A la segunda.
Indicale al autorun con que programa debe abrir el archivo. Yo creo que esto te servirá...
Cita: [autorun]
OPEN=C:\windows\explorer.exe index.html
ICON=dibujo.ico
En lo rojo pones el nombre de tu archivo swf o html. Suerte!!!