Usando el comando "top -c" podrás ver los mayores procesos que consumen el sistema, php, apache, etc..
Para MYSQL, el que nombre antes,
mytop... para CPU, MEMORIA "top -c", además para memoria puedes usar el comando "free", pero aconsejo "top -c" ya que es completo y detallado en cuanto a los recursos. Se usan directamente desde la consola de root de tu servidor.
Para medir el ancho de banda en tiempo real, te aconsejo
Nload, o en períodos más grandes de tiempo,
MRTG.
Saludos.