No es necesario guardar tu base de datos en UTF-8 para consultarla, también es posible cambiar su juego de carácteres en tiempo de ejecución.
Si usas PHP y tiene implementado "iconv" puedes hacer algo como:
Código PHP:
$cadena = iconv("ISO-8859-1", "UTF-8", $cadena)
Donde $cadena tiene el texto a tranformar. En este caso, de ISO-8859-1 a UTF-8.