Bien, pues en la tarde me sospeche que el truco estaba en el innerhtml...y ahora en la noche lo probe y si funciona, esta media chafa la solucion, pero igual sirve:
Dentro de tu funcion donde cargas la pagina externa, ves q tu codigo dice:
tudiv.innerHTML = ajax.responseText ;
Pues a eso le concatenas el codigo JS y listo(si tu alert no depende de ninguna condicion); quedaria asi:
Código HTML:
tudiv.innerHTML = ajax.responseText + alert("Mensaje");
Si tu alert depende de alguna condicion, puedes hacer, que en tu codigo php haga la condicion, si se cumple,poner una variable en true.. y ya del lado del cliente..JS.... pondrias:
Código HTML:
if (ajax.readyState==4) {
var variable=<?php echo $variable; ?>
if(variable){alert("Mensaje");}
contenedor.innerHTML = ajax.responseText;
}
Y listo... si funciona ya que lo acabo de probar...