Crea un proyecto para instalar Aplicaciones Web.
Abre el Wizzard para "New Project". En donde seleccionas el tipo de proyecto que vas a crear, selecciona "Other Project Types" y allí vas a encontrar "Setup and Deployment" y escoge "Web Setup Project"
Alli te encargas de agregar los archivos requeridos para el web site. el proyecto genera un .msi, al correrlo en el servidor cliente (Interesante Termino
) El instalador va a crear un directorio virtual en IIS.