Usa una herramienta que te permita generar el codigo sql de tus tablas, ejemplo mysqlfront (
http://www.mysqlfront.de/download.html). Así, tendrás un script que cree la bd completa vacía, obviamente con los indices en 0.
Dicho script luego se carga al servidor y se ejecuta, el mismo mysqlfront te servirá para ello.