El menú ya aparece centrado. El hecho de que los submenús aparezcan por encima es porque así se lo has indicado al script. Le has dicho que el destino de los submenús es el frame de nombre "menu" así que los está creando sobre el propio documento.
Debes cambiar el nombre del frame en el script
ahora tienes esto
var Fram = 'menu'
debes indicarle el nombre donde quieras que se despliegue
var Fram =
'principal' 
un saludo
