Hola:
Aunque no estoy muy seguro de comprenderte, te diré que cargando es un objeto que tendría que estar visible... y si inicializas esa variable dentro de una función, el script no llega a "verlo"
var cargando;
function...
cargando = window.open()
...
Pero si quieres cerrar una página desde ella misma, tienes que usar el objeto window
window.close()
La cuestión de las capas si que no me he enterado... pero las 2 formas de ocultarlas son con los estilos visibility y display... según que caso sea, interesa uno u otro.
Saludos
