Hola:
Ese tipo de alertas es confirm... sería algo así:
<form name="borrar" method="get" onsubmit="return confirm('desea borrar el registro...')">
<input type="hidden" name="id_registro" value="<?php echo $id_registro; ?>" />
...
<input type="submit" value="borrar" />
</form>
Saludos
