htaccess: Forzar a las visitas a pasar por la página inicial

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umm...pues la verdad, la verdad...no se me ocurre ninguna otra forma...a menos que sea con mod_rewrite o con un .htaccess, pero seria un poco complicado y de igual forma necesitarias PHP o algo que maneje sesiones.
De hecho una cosa...no te tendrias que renombrar los archivos, los puedes dejar con la extension que tienes si es que a eso te refieres. Hay que habilitar una directiva (que a veces no viene por default) en el httpd.conf para hacer que se parseen las paginas php con la extension .html
Lo unico que tendrias que hacer es crear tu codigo de tracking, y hacerle un include a todos tus archivos. Con Dreamweaver puedes hacerlo muy rapido, simplemente dandole un find and replace a todo tu sitio.