Personalmente yo recomendaría utilizar un framework de persistencia ya hecho... o no usar ninguno. Por que ponerse a hacer uno a estas alturas de la película con todas las opciones que hay y va a haber(JDO, JPA/EJB3, Hibernate, Ibatis...) me parecería un poco reinventar la rueda por que si.
Eso sí, lo mejor de todo es hacer pruebas uno mismo para ver cual se adapta mejor a nuestras necesidades, por que hacerlo de oidas es peligroso. En principio, lo que dices apunta más a Ibatis que a Hibernate o JDO, ya que estos ultimos estan más orientados a modelos de datos orientados a objetos y aunque permiten el acceso directo a tablas, no es para lo que estan pensados principalmente.
Eso si, nada, y repito: nada, sustituye a un buen esquema de base de datos y una optimización de la misma. Por mucho que algunos quieran olvidarse de que hay una BDD por debajo, la realidad es muy terca y nos enseña que esta ahí
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