como cambiar las tablas que tengo en MyIsam en InnobDb

[deadlykyo]

Primero debes verificar que tu mysql tenga habilitada la creacion de tablas innodb, en el archivo my.cnf, luego si no quieres volverlas a crear (que seria mas rapido), puedes hacer un alter table, tabla por tabla y cambiar el engine, asi:
mysql> ALTER TABLE nombreTabla ENGINE=InnoDB;

pero por que no sacas un dump de tu base de datos, con datos y estructura y despues con cual editor cambias (replace all) lo myIsam a Innodb y vuelves a crear tu base de datos en menos de 10 mins, bueno es una sugerencia, pero lo de tu consulta me parece raro, que version de mysql estas usando y de que tamano de base de datos estamos hablando, por que no muestras tu consulta y si nos dices tambien el tamano de la posible consulta, y tambien cuanto de memoria dispones, esas cosillas afectan y el sistema de archivos que usas, supongo que deb ser NTFS, bueno tu diras, saludos... cya