Hola
zika, no desesperes por que una respuesta no se da, paciencia y llegarás lejos, verás el PHP Nuke puede correr presentaciones Flash siempre y cuando estas presentaciones se vean en el index, es decir que sean para poder ver en el Theme, en el contenido no se puede, al menos hasta la version 9.7 que fué la última que usé hasta descubrir el mundo joomla, Sobre la duda del config.php es un archivo que contiene las configuraciones tanto de usuario Admin, de acceso y conexion a la base de datos y demas, la parte que te refieres de cabecera es en sí el header del index.php, sólo puedes modificar el titulo y la descripcion, si quieres modificar esta parte remitete al index. php del theme que estes usando y haces las modificaciones manualmente......Si esta breve explicacion no ha resuelto tus dudas y/o tienes mas preguntas, aquí estaré para ayudarte.......un Saludo!!!