tratando de entender:
si deseas pasar el valor de javascript debes llamar una página PHP en donde puedes incluir a través de URL el valor que desees pasar por ejemplo:
Código PHP:
//siendo variablejs una var de javascript
var accion = "buscar.php?valor="+variablejs;
window.document.form1.action = accion;
window.document.form1.target="_self";
self.document.form1.submit();
//aqui necesariamente hace submit a la página de búsqueda pasando los valores a través de la URL
puede que en AJAX encuentres el método que buscas.. algo que desconozco :(