Hola,para comenzar estas son las medidas estandar para banner:468x60 ; 440x40 ; 88x62 ; 88x31 , normalmente para el tamaño más grande de banner no debe sobrepasar los 12Kb, al menos esta condición la piden sitios para intercambio de banners y muchos portales para publicitarse. Y como observación personal para orientarte,te diría que no utilices más de 4 o 5 fotogramas ni más de 10 colores.En cuanto a programas tienes un gran repertorio,para animaciones GIF(photoshop,photopaint,gif animator,etc...),para transición y gestión(riada billboard por ejemplo)y flash como no!
http://www.terra.es/personal3/edigcrea/